Le Conseil de l'Institut - désigné par le Conseil fédéral - est, pour ce qui est de la gestion de l'IPI, la plus haute instance dirigeante de l'Institut.

Le Conseil fédéral a nommé deux nouveaux membres au Conseil de l'Institut en novembre 2019. Ils prendront leurs fonctions le 1^er janvier 2020.

«Corina Eichenberger-Walther, nouvelle présidente du Conseil de l'Institut» (communiqué du 29.11.2019)

• Felix Hunziker-Blum, docteur en droit, avocat, président du Conseil de l'Institut, nommé jusqu'au 31.12.2019
• Beatrice Renggli, licenciée en droit, vice-présidente du Conseil de l'Institut, nommée jusqu'au 31.12.2019
• Luc-E. Amgwerd, licencié en droit, directer général de Gjosa SA, nommé jusqu'au 31.12.2019
• Roman Boutellier, professeur et docteur en sciences mathématiques, professeur émérite en gestion de l'innovation et de la technologie à l'EPFZ, nommé jusqu'au 31.12.2019
• Yves Bugmann, licencié en droit, membre nommé jusqu'au 31.12.2019
• Barbara Hübscher Schmuki, licenciée en sciences politiques, nommée jusqu'au 31.12.2019
• Sara Stalder, directrice de la Fondation pour la protection des consommateurs (SKS), nommée jusqu'au 31.12.2019
• Peter Walser, docteur en sciences naturelles EPF, conseil en brevets,  nommé jusqu'au 31.12.2019
• Evelyn Zwick, physicienne diplômée EPF, conseil en brevets, nommée jusqu'au 31.12.2019 

Les appartenances des membres du Conseil de l'Institut à des organes de direction d'autres entreprises ou établissements de droit public ou privé.